Учетная регистрация филиалов и представительств включает в себя проверку соответствия документов, представленных на учетную регистрацию, законодательным актам Республики Казахстан, выдачу им справки об учетной регистрации с присвоением бизнес-идентификационного номера, занесение сведений о филиалах и представительствах в Национальный реестр бизнес-идентификационных номеров.
Филиалы и представительства юридических лиц, расположенные на территории Республики Казахстан, подлежат учетной регистрации без приобретения ими права юридического лица.

Учетную регистрацию филиалов и представительств юридических лиц являющихся некоммерческими организациями осуществляют органы юстиции.
Учетную регистрацию филиалов и представительств юридических лиц являющихся коммерческими организациями осуществляет Государственная корпорация «Правительство для граждан».

Для учетной регистрации филиала (представительства) в регистрирующий орган подается заявление по форме, установленной Министерством юстиции Республики Казахстан. Заявление подписывается лицом, уполномоченным юридическим лицом, создающим филиал (представительство), и скрепляется печатью юридического лица. В случае, если юридическое лицо является субъектом частного предпринимательства, скрепление заявления печатью не требуется.
К заявлению прилагается документ, подтверждающий уплату в бюджет регистрационного сбора за учетную регистрацию филиала (представительства) юридического лица, являющегося некоммерческой организацией, либо документ, подтверждающий уплату в Государственную корпорацию «Правительство для граждан» за учетную регистрацию филиала (представительства) юридического лица, являющегося коммерческой организацией.
Для филиалов (представительств) юридических лиц, не относящихся к субъектам частного предпринимательства, а также акционерных обществ дополнительно представляются положение о филиале (представительстве) в двух экземплярах на казахском и русском языках, утвержденное юридическим лицом, копии устава (положения) и доверенность юридического лица (за исключением общественных и религиозных объединений), выданная руководителю филиала (представительства).
Положение о филиале (представительстве) должно содержать наименование, место нахождения, предмет деятельности, порядок управления и компетенцию руководителя филиала (представительства), также наименование, место нахождения, предмет деятельности, данные о государственной регистрации юридического лица, создающего филиал (представительство).

Если иное не установлено международными договорами, ратифицированными Республикой Казахстан, в отношении головной организации должны быть представлены:

• легализованная выписка из торгового реестра;
• учредительные документы или другой легализованный документ иностранного юридического лица, подтверждающие, что иностранное юридическое лицо, создающее филиал (представительство), является юридическим лицом по законодательству иностранного государства;
• документ, подтверждающий налоговую регистрацию в стране инкорпорации иностранного юридического лица, с указанием номера налоговой регистрации (или его аналога). 

Документы иностранного юридического лица, создающего филиал (представительство), представляются с нотариально засвидетельствованным переводом на казахский и русский языки.

Руководители филиалов и представительств иных форм юридических лиц назначаются уполномоченным органом юридического лица и действуют на основании его доверенности.

Общая ставка корпоративного подоходного налога составляет 20%.
 Плательщиками корпоративного подоходного налога являются юридические лица-резиденты Республики Казахстан, за исключением государственных учреждений и государственных учебных заведений среднего образования, а также юридические лица-нерезиденты, осуществляющие деятельность в Республике Казахстан через постоянное учреждение или получающие доходы из источников в Республике Казахстан.
Объектами обложения корпоративным подоходным налогом являются:

1. налогооблагаемый доход;
2. доход, облагаемый у источника выплаты;
3. чистый доход юридического лица-нерезидента, осуществляющего деятельность в Республике Казахстан через постоянное учреждение.

В соответствии с действующим Налоговым кодексом дополнен список налогооблагаемого дохода, который включает также суммарную прибыль контролируемых иностранных компаний и постоянных учреждений контролируемых иностранных компаний, определяемую в соответствии Налоговым законодательством.

Условия применения специального налогового режима установлены статьей 428 Налогового кодекса.
В соответствии с пунктом 3 данной статьи определено, что специальный налоговый режим не вправе применять:
1) юридические лица, имеющие филиалы, представительства;
2) филиалы, представительства юридических лиц;
3) налогоплательщики, имеющие иные обособленные структурные подразделения и (или) объекты налогообложения в разных населенных пунктах;
4) юридические лица, в которых доля участия других юридических лиц составляет более 25 процентов;
5) юридические лица, у которых учредитель или участник одновременно является учредителем или участником другого юридического лица, применяющего специальный налоговый режим;
6) налогоплательщики, оказывающие услуги на основании агентских договоров (соглашений).
Соответственно, филиал не вправе применять специальный налоговый режим.

НДС к размеру облагаемого оборота и облагаемого импорта - 12%.
Не облагается НДС реализация:

• товаров на экспорт;
• услуг по международным перевозкам;
• ГСМ, осуществляемой аэропортами при заправке воздушных судов иностранных авиакомпаний, выполняющих международные полеты, международные воздушные перевозки;
• товаров на территорию СЭЗ;
• аффинированного золота из сырья собственного производства;
• товаров собственного производства и нестабильного конденсата в рамках контракта на недропользование;
• оборот по реализации товаров, предусмотренных статьей 393 Налогового кодекса

Закон № 382-VI от 10 декабря 2020 года устанавливает изменения в налоговое законодательство в Республике Казахстан относительно налога НДС. Согласно принятым поправкам минимальный оборот для постановки на учет по НДС установлен в размере 20 000-ти кратного размера месячного расчетного показателя (МРП), определяемого законом о республиканском бюджете на соответствующий финансовый год. С 1 января 2022 года МРП составил 3063 тенге, а значит минимальный порог для постановки на учет по НДС теперь равен 61 260 000 тенге (что, примерно, составляет 12 840 245,75 рублей РФ).
При превышении минимального предела оборота обязательно представление в уполномоченные органы государственных доходов заявления о постановке на учет по НДС. Сделать это нужно не позднее 10 рабочих дней с конца месяца, в котором появилось завышение оборота.

• ФНО 200.00 - декларация по индивидуальному подоходному налогу и социальному налогу. Сдается в налоговый орган по месту регистрации налогового агента не позднее 15 числа второго месяца, следующего за отчетным периодом (квартал).
• ФНО 100.00 - декларация по корпоративному подоходному налогу. Декларацию подают плательщики корпоративного подоходного налога в налоговый орган по месту регистрации не позднее 31 марта года, следующего за отчетным налоговым периодом.
• ФНО 300.00 (для плательщиков НДС) - декларация по налогу на добавленную стоимость. Срок подачи декларации - не позднее 15 числа второго месяца, следующего за отчетным периодом. Например, за 1 квартал 2022 г. необходимо подать декларацию не позднее 16 мая 2022 года (так как 15 число выпадает на воскресенье)

Дополнительные виды отчетности: 

• ФНО 328.00 (при импорте из стран ЕАЭС) - заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов. Компаниям, которые импортирую из стран ТС ЕАЭС необходимо предоставлять данную налоговую отчетность ежемесячно в срок не позднее 20 числа следующего месяца за датой импорта.
• ФНО 700.00 - декларация по налогу на транспортные средства, земельному налогу и налогу на имущество. Предоставляется в срок до 31 Марта года следующим за отчетным.